Jason Bourne tilbyr seg å hjelpe sin mentor, professor Specter, med å oppklare mordet på en ung student. Sporene peker i retning av Europa og et hittil ukjent islamistisk terrornettverk. Gruppen planlegger et storstilt angrep på USA, og disse planene har kommet National Security Agency for øre. Mens Bourne jager nettverkets leder, setter NSA i gang jakten på Bourne for å fullføre det CIA aldri har klart: Å eliminere ham.
